La semaine prochaine marquera le premier anniversaire de la cr茅ation de l鈥�, qui a fait de l鈥橧nstitut neurologique de Montr茅al (INM) le premier 茅tablissement au monde 脿 adh茅rer sans r茅serve au principe de la science听ouverte, et ce, gr芒ce 脿 un g茅n茅reux don de la Fondation familiale Lawrence et Judith听Tanenbaum. Pendant la derni猫re ann茅e, nous avons d茅ploy茅 d鈥檌mportants efforts dans de nombreux domaines. Ainsi, nous avons cr茅茅 un d茅p么t ouvert d鈥櫭ヽhantillons provenant de patients, planifi茅 l鈥檌nfrastructure informatique n茅cessaire pour le partage de vastes corpus de donn茅es, mis sur pied des projets ouverts, prometteurs et uniques avec des partenaires de l鈥檌ndustrie pour la d茅couverte de m茅dicaments, et embauch茅 plusieurs chercheurs qui adh猫rent pleinement au principe de la science ouverte.
L鈥檃nn茅e se terminera fort 脿 propos par le lancement de notre propre plateforme d鈥櫭ヾition pour la recherche ouverte, appel茅e et optimis茅e par F1000. Il est essentiel 脿 mes yeux que notre travail, qu鈥檌l se traduise par des r茅sultats fructueux ou non, par la mise au point d鈥檜ne m茅thode novatrice, par la description d鈥檜n nouveau logiciel important ou par la cr茅ation d鈥檜n nouvel ensemble de donn茅es, soit connu de la communaut茅 scientifique rapidement et en toute transparence. Cette plateforme, sur laquelle sont publi茅s imm茅diatement les r茅sultats des travaux des chercheurs de l鈥橧NM et de leurs collaborateurs ainsi que les donn茅es connexes听鈥� avant d鈥櫭猼re soumis 脿 un processus ouvert de r茅vision par des pairs听鈥� contribuera 脿 la r茅alisation de notre mission听: acc茅l茅rer la d茅couverte de traitements de pointe pour les patients atteints de maladies neurologiques.
La publication des premiers articles de la plateforme Recherche ouverte INM constitue aujourd鈥檋ui une nouvelle 茅tape de la d茅marche que nous avons entreprise pour devenir un institut de science ouverte. Ces trois articles de nos chercheurs et de leurs collaborateurs marquent le lancement de la plateforme et ouvrent la voie 脿 d鈥檃utres publications.
Le premier , pr茅par茅 par mon laboratoire, d茅crit un anticorps qui poss猫de la capacit茅 de d茅tecter de fa莽on sp茅cifique le domaine polyalanine de prot茅ines cod茅es par des g猫nes connus pour 锚tre pathog猫nes apr猫s augmentation du nombre normal de r茅p茅titions de triplets. On sait qu鈥檜ne expansion du domaine polyalanine est 脿 l鈥檕rigine d鈥檜ne certaine forme de trouble musculaire appel茅 芦听dystrophie musculaire oculopharyng茅e听禄. On avait 茅galement pressenti听鈥� avant d鈥檕bserver ce ph茅nom猫ne听鈥� que les domaines polyalanine interviennent aussi dans les maladies neurod茅g茅n茅ratives associ茅es aux expansions de trinucl茅otides CAG (p.听ex., l鈥檃taxie spinoc茅r茅belleuse et la maladie de Huntington). L鈥檃nticorps dont il est question dans notre article a mis au jour des signaux anormaux du domaine polyalanine dans des tissus et des mod猫les atteints de ces maladies. Les anticorps 茅tant des outils pr茅cieux, l鈥檌nformation permettant de valider l鈥檃nticorps a 茅t茅 publi茅e afin qu鈥檌l puisse 锚tre reproduit. Bien souvent, la d茅couverte d鈥檃nticorps est mal document茅e (p.听ex., la nature de l鈥檃ntig猫ne et les conditions de validation). Par ailleurs, certains nouveaux anticorps 茅ventuellement utiles risquent de ne pas 锚tre signal茅s si la port茅e mondiale des articles dans lesquels les auteurs d茅crivent leur d茅couverte et son utilisation ne justifie pas leur publication dans des revues sp茅cialis茅es. Il ne fait aucun doute dans mon esprit que la plateforme F1000 constitue une excellente tribune pour faire conna卯tre cet anticorps capable de reconna卯tre les domaines polyalanine. Comme cet anticorps n鈥檃 reconnu que les seuls domaines polyalanine de longueur pathologique et non les domaines plus courts non pathologiques, un tel outil pourrait se r茅v茅ler utile pour 茅tudier le r么le de la polyalanine dans d鈥檃utres troubles neurologiques.
Le deuxi猫me article porte sur une 听con莽ue par le groupe de Peter听McPherson et permettant de r茅duire l鈥檈xpression de certaines prot茅ines dans les neurones au point o霉 elles deviennent ind茅tectables par transfert de western. Cette approche consiste 脿 introduire de petits ARN en 茅pingle 脿 cheveux dans des micro-ARN marqu茅s par une prot茅ine fluorescente et 脿 transf茅rer ce compos茅 dans un lentivirus, lequel transporte le tout dans les neurones. Il s鈥檃git d鈥檜n protocole rapide qui, contrairement 脿 d鈥檃utres m茅thodes, ne pr茅sente que peu de toxicit茅, voire pas du tout, pour les cultures de cellules neuronales. Le mode op茅ratoire d茅taill茅 d茅crit dans cet article devrait faciliter l鈥檜tilisation de cette m茅thode par d鈥檃utres laboratoires.
Le troisi猫me article, une publication de donn茅es brutes pr茅par茅e par Sebastian听Urchs, doctorant cosupervis茅 par Alan听Evans au Centre d鈥檌magerie c茅r茅brale de l鈥橧NM et l鈥櫭﹒uipe de Pierre听Bellec 脿 l鈥橴niversit茅 de Montr茅al, pr茅sente听une segmentation du cerveau en r茅gions stables selon leur connectivit茅 fonctionnelle, et ce, en faisant appel 脿 plusieurs niveaux de r茅solution. Les chercheurs ont 茅labor茅 leur mod猫le (qu鈥檌ls ont appel茅 芦听mod猫le de segmentation intrins猫que multir茅solution听禄 ou 芦听MIST听禄, pour multiresolution intrinsic segmentation template) 脿 partir d鈥檜n vaste ensemble de donn茅es ouvertes provenant de l鈥橴niversit茅 Harvard, ce qui montre que nous pouvons tirer parti des pratiques de science ouverte adopt茅es par les chercheurs d鈥檃utres 茅tablissements, au m锚me titre qu鈥檈ux peuvent tirer parti des n么tres. Cet article mise pleinement sur les possibilit茅s offertes par le Web. Ainsi, les auteurs ont cr茅茅 un impressionnant tableau de bord interactif qui permet aux lecteurs d鈥檈xplorer visuellement l鈥檕rganisation hi茅rarchique de ces segmentations du cerveau, et plusieurs des images pr茅sent茅es dans la version en ligne sont interactives. Gr芒ce 脿 une telle fonctionnalit茅, les lecteurs pourront explorer les segments du MIST dans toute leur complexit茅, sans les contraintes inh茅rentes aux images traditionnelles et statiques. De telles avanc茅es dans le domaine de la visualisation sont importantes pour le partage ouvert de r茅sultats de recherche dans un contexte听caract茅ris茅 par l鈥檈xplosion de m茅gadonn茅es en neurosciences.
Les trois 茅quipes de chercheurs attendent maintenant les commentaires que des experts r茅viseurs sont invit茅s 脿 formuler dans le cadre d鈥檜n processus de , semblable 脿 celui utilis茅 sur le site F1000Research. Il s鈥檃git d鈥檜n processus rigoureux o霉 les rapports sign茅s par les r茅viseurs seront publi茅s en marge des articles et pourront 锚tre consult茅s par tous les lecteurs. Cette transparence permettra 脿 ces derniers de mieux 茅valuer notre travail, favorisera la formulation de critiques constructives et donnera aux r茅viseurs le cr茅dit qui leur revient pour leur expertise ainsi que pour le temps et les efforts qu鈥檌ls auront consacr茅s 脿 la pr茅paration de leur rapport. Les lecteurs qui souhaitent conna卯tre l鈥檃vis des r茅viseurs sur nos travaux sont invit茅s 脿 utiliser le bouton de suivi de chaque article, qui leur permettra de rester inform茅s sur le processus de r茅vision et gr芒ce auquel ils seront avis茅s de la publication de nouvelles versions des articles. Une telle transparence permettra aux chercheurs en d茅but de carri猫re de se familiariser avec le processus de publication d鈥檃rticles acad茅miques. Ils pourront ainsi acqu茅rir les comp茅tences n茅cessaires pour partager efficacement les r茅sultats de leurs travaux avec l鈥檈nsemble de la communaut茅 scientifique.
Nous avons d茅cid茅 de publier sur cette plateforme afin que nos donn茅es, r茅sultats et m茅thodes puissent 锚tre rapidement et facilement utilis茅s par d鈥檃utres chercheurs dans le cadre de leurs propres travaux visant 脿 mieux comprendre les maladies neurologiques. Nous invitons tous les lecteurs ayant un int茅r锚t pour les neurosciences 脿 s鈥檌nscrire (un espace est r茅serv茅 脿 cette fin sur chaque page) afin de recevoir une alerte lorsqu鈥檜n article susceptible de les int茅resser est publi茅 sur cette plateforme. Ils pourront ainsi acc茅der rapidement aux r茅sultats de recherche et explorer les possibilit茅s de partenariat avec les utilisateurs de nos ressources scientifiques ouvertes.
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