Lancement le Canadian Genomics Cloud afin de fournir un accès étendu à l’infrastructure en génomique au Canada
Un consortium national de collaborateurs provenant de l’industrie et du secteur académique a annoncé aujourd’hui le lancement du Canadian Genomics Cloud (), une plateforme logicielle qui intègre la gestion, l’analyse et le partage des données cliniques ainsi que les données sur le séquençage du génome. Cette plateforme infonuagique publique, la première du genre au Canada, permettra à tous les scientifiques au pays d’avoir un libre accès à une technologie d’avant-garde qui soutient la précision en médecine et l’utilisation d’applications de recherche en génomique.
Le Canadian Genomics Cloud permet de remplir les fonctions essentielles à la science du génome sur un nuage informatique, un paradigme informatique qui utilise des ressources de traitement de données et d’entreposage à partir de centres de données à distance, auxquels il est possible d’accéder en toute sécurité grâce à internet. L’infonuagique permet aux utilisateurs de réduire, de façon significative, les coûts, les inefficacités et le fardeau associé à l’entretien d’une infrastructure informatique au niveau local, tout en assurant des capacités de stockage assez volumineuses pour répondre à toutes les demandes d’accès et fournir une vaste gamme de services intégrés. Des fournisseurs de services infonuagiques comme Amazon, Microsoft et Google ont établi récemment, des centres de données au Canada.
« La croissance exponentielle dans le secteur du séquençage du génome génère une quantité de données sans précédent, une demande à laquelle l’infonuagique peut répondre, pour permettre la gestion et l’extraction des données », déclare le Dr Marc Fiume, PDG de DNAstack, basée à Toronto, dont l’équipe a dirigé le développement de la plateforme pour qu’elle réponde aux normes internationales, auxquelles elle a contribué, dans le cadre des travaux d’un grand consortium mondial nommé le Global Alliance for Genomics and Health (GA4GH). « Ce lancement permet d’inaugurer, au Canada, les technologiques soumises aux normes les plus récentes afin de favoriser la recherche grâce à une rapidité de service encore jamais vu. »
Le Canadian Genomics Cloud permet un accès sur demande dans le cadre de processus d’analyse de données comme le GATK4 du Broad Institute, le Deep Variant de Verily et DNAseq de Sentieon. Il permet l’utilisation de l’apprentissage automatique grâce à TensorFlow de Google et le partage sécuritaire des données grâce à GA4GH Beacon et Matchmaker.
Le Canadian Genomics Cloud est dĂ©veloppĂ© afin de subvenir aux besoins de CGEn, un rĂ©seau canadien national pour les centres de sĂ©quençage du gĂ©nome Ă MontrĂ©al, Toronto et Vancouver. « Nous procĂ©dons Ă tout le sĂ©quençage du gĂ©nome Ă partir de milliers d’échantillons de recherche Ă travers le Canada et nos besoins de pouvoir gĂ©rer ces mĂ©gadonnĂ©es pour l’ensemble de la communautĂ© sont en croissance constante, » dĂ©clare le Dr Stephen Scherer, dirigeant Ă CGEn, scientifique principal au Hospital for Sick Children et professeur de mĂ©decine Ă l’UniversitĂ© de Toronto.Ěý
Le Dr Scherer est aussi le directeur de l’initiative supportĂ©e par le Canadian Genomics Cloud, mise en ligne rĂ©cemment, le Personal Genomes Project Canada (), qui Ă©labore une vaste base de donnĂ©es publique reliant les donnĂ©es du sĂ©quençage du gĂ©nome des participants avec leurs renseignements mĂ©dicaux.Ěý
La plateforme est utilisĂ©e aussi pour rĂ©pondre aux besoins du SickKids Cancer Sequencing (KiCS,Ěý), un programme de sĂ©quençage du gĂ©nome pour le cancer pĂ©diatrique, dirigĂ© par les Drs Adam Schlien et David Malkin de l’Hospital for Sick Children. «ĚýLes Ă©pisodes de cancer en bas âge laissent des traces de mutation gĂ©nĂ©tique uniques qui, une fois identifiĂ©es, peuvent donner des indices qui aident au dĂ©veloppement d’un programme de traitement clinique.ĚýLe Canadian Genomics Cloud possède les capacitĂ©s informatiques nĂ©cessaires pour former des modèles d’apprentissage automatique afin d’extraire les signatures Ă partir des donnĂ©es du sĂ©quençage du gĂ©nome des tumeurs chez les enfants qui ont le cancer. »
Le Canadian Genomics Cloud possède les capacités informatiques nécessaires pour former des modèles d’apprentissage automatique afin d’extraire les signatures à partir des données du séquençage du génome des tumeurs chez les enfants qui ont le cancer.
Le Canadian Genomics Cloud est conçu pour rĂ©pondre aux besoins d’initiatives nationales qui requièrent le sĂ©quençage, le partage d’information et l’analyse du gĂ©nome provenant de dizaines de milliers de personnes Ă travers le pays, de façon coordonnĂ©e. « Le partage de donnĂ©es sur le gĂ©nome et des renseignements mĂ©dicaux pour la recherche biomĂ©dicale, est essentiel pour assurer l’avancement de notre comprĂ©hension de la santĂ© et du bien-ĂŞtre humain, » dĂ©clare la Dre Bartha Knoppers, experte en politique de la santĂ© de l’UniversitĂ© Ă山ǿĽé et directrice du CGP.
« Le Global Alliance for Genomics and Health s’efforce de faire du partage responsable de données au niveau international, une expérience assez simple, grâce à un cadre de politiques et une série de normes techniques. C’est agréable de constater que les fruits de ce travail sont mis en pratique dans des plateformes comme le Canadian Genomics Cloud, » déclare Peter Goodhand, PDG de GA4GH.
Le Canadian Genomics Cloud pose les bases pour un « écosystème » de intégration de la technologie qui permettre données à flux avec sécurité et efficacité entre les systèmes, briser les silos de données traditionnels et aider à maximiser la valeur des données sur la génomique et la santé recueillies au niveau institutionnel, régional et dans l'ensemble du pays. Le Canadian Genomics Cloud est hébergé dans les nouvelles installations informatiques de Google à Montréal, qui a été ouvertes plus tôt ce mois-ci. Celles-la permettra bientôt le partage et analyse des données entre plusieurs les nuages informatiques, y compris Microsoft Azure et le fournisseur principal de dossiers de la clinique du Canada.
Le Canadian Genomics Cloud est accessible sur rĂ©seau public auĚý. Pour plus de renseignements, veuillez contacterĚýinfo [at] genomicscloud.ca.
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